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病毒分型整合研究,为迈基诺打call
        迈基诺ViralCap-病毒(HPV、EBV、HBV)基因组捕获测序技术平台可以实现对HPV、EBV、HBV三种病毒基因组全长的捕获测序,可同时完成病毒分型、突变和整合分析。

ViralCap 病毒基因组捕获系列产品
 
 

产品特点

· 病毒分型、突变以及整合分析同时完成
· 和全基因组测序相比,有效降低测序成本
· 适合大样本量验证
 

生物信息分析

SNP; InDel; HBV、HPV、EBV Genomic Alignment, subtype, Integration;assembly; reads statistics; Evolution Analysis; New Gene Prediction;
 

测序策略

PE150;平均测序深度(样本的病毒浓度足够):HPV、HBV:500X;EBV>200X
 

项目周期

30个工作日——捕获测序(自样本质控合格之日起,不包括数据分析),附加5~15个工作日进行数据分析。



数据结果展示

HBV分型分析

 



 

HPV整合位点分析
 
 


HPV整合位点分析
 





 
        病毒是目前发现的最小病原体,由于能够诱发细胞癌变,所以又被称为病毒致癌因子,是重要的致癌因素之一。病毒诱发人体细胞癌变,一方面是由于病毒癌基因的高度表达,另一方面是由于病毒基因组在宿主细胞染色体DNA上的插入和整合,从而激活了细胞癌基因的表达。近年来,更多的证据显示病毒整合的位点在染色体分布中有一定的倾向性,形成整合热点区域。脆性位点即为其中的热点区域之一。
 
        同一种病毒的不同亚型的感染、病毒基因组的突变,以及病毒基因组在人类基因组上整合位置的不同都会对患者的病理诊断、治疗选择以及预后生存产生影响。因此,对于致癌病毒的基因组研究应该从病毒亚型识别、病毒基因组突变以及与宿主基因组整合位点检测三个方面入手。
 
        EB病毒(Epstein-Barr Virus, EBV)、人乳头瘤病毒(Human papillomavirus virus, HPV)和人乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus, HBV)与某些特定的肿瘤相关,病毒的潜伏期很长,甚至达数十年。



EBV

        EBV属疱疹病毒科,是双链DNA病毒。病毒颗粒为球形、直径180nm,基本结构含核样物、衣壳和囊膜三部分。EBV基因组大小为180Kb左右;含有86个ORF,其中含有一系列0.5Kb的末端重复系列,多个内部重复序列将病毒基因分成长短不等的独特序列区。EBV分布广泛,90%以上的成人携带,且亚型分为4WT,AG876,B95-8,GD1,GD2,HKNPC1等24种。感染后可诱发鼻咽癌、胃癌和淋巴瘤等恶性肿瘤,是可能致癌的人类肿瘤病毒之一。EBV病毒整合位点通常处于染色体易位的断裂点附近,或在消色差的沟状损伤处,即染色体脆性位点。不过由于DNA的高度甲基化和EBV基因组长度很大等因素,研究EBV整合显得比较困难。
 

HPV

        HPV属乳多空病毒科,是双链环状DNA病毒。无包膜,病毒基因组大小为8Kb左右,含有9个开放阅读框,分为3个功能区:1)早期转录区(E区):编码8个蛋白质(E1-E8);2)晚期转录区(L区):编码2个衣壳蛋白(L1-L2);3)非转录区:位于E8和L1之间;人乳头瘤病毒亚型众多,高危型包括hpv16、18、35、45、58等多种亚型;低危型包括hpv6、11、42等多种亚型。HPV感染后可诱发宫颈癌、宫颈上皮内瘤变等。HPV病毒整合往往容易发生在脆性位点及其附近。
 
 
HBV

        HBV属嗜肝DNA病毒科,是部分双链环状DNA病毒。完整的乙肝病毒呈颗粒状,分为外壳和核心两部分。病毒基因组大小为3Kb左右(最小且最难治愈);HBV基因组含有4个ORF(编码区:S、C、P和X),编码外膜蛋白、核壳蛋白,聚合酶及X蛋白等7个蛋白。乙型肝炎病毒分为A—H 8种等亚型,感染后可诱发肝癌等。HBV病毒在宿主基因组的基因富集区等特定重要区域(如CpG岛)以及一部分基因组重要关键位点上,具有显著的整合偏好性,使得肝细胞具有恶性转化的潜能。


 

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